因单位撤并及隶属关系，中国水产科学研究院淡水渔业研究中心、“中国水产科学研究院长江水产研究所”等多个称谓，1984年改为现称。“八五”以来一直位列“全国农业科研综合实力百强研究所”。2002年11月，被国家科技部、财政部和中编办确定为非营利性科研机构，进入国家科技创新体系。

早在2014年9月5日，在长沙举行的、，联合国粮农组织授牌淡水渔业研究中心为 “水产养殖和内陆渔业研究培训参考中心”，淡水渔业研究中心主任徐跑参加了授牌仪式。

在仪式上，FAO助理总干事表示，发展中国家粮食安全的改善是世界粮食安全的基础，中国作为最大的发展中国家，深刻了解其他发展中国家的问题与需求。一直以来，中国在专家派出、技术输出、投资迈出等对外援助各方面做出了不懈努力。其中，获得FAO参考中心授牌的5家机构参与的人力资源培训受到了各方的肯定与好评。、、FAO、各级主管部门等表示感谢，并表示各中心将充分利用这一平台，进一步加强与FAO的有效合作，为世界粮食安全做出更大的贡献。

淡水渔业研究中心是目前FAO认定的惟一一家“水产养殖及内陆渔业研究培训参考中心”，这既是对中心30多年来援外事业所取得成效的肯定，也激励中心今后在技术培训、高等教育、技术咨询、网络建设、务实合作等方面充分发挥其“参考”价值和样板作用，为中心在南南合作框架下更加卓有成效地开展援外事业奠定了基础。

目前无锡淡水渔研究中心设有7个研究室、4个实验基地，、、、、、1个中国水产科学研究院重点实验室、1个中国水产科学研究院工程技术研究中心、1个江苏省良种场，。

建所30多年来，淡水渔研究中心在淡水水产生物技术和遗传育种、渔业资源和环境、淡水增养殖、水产病害与饲料等领域先后承担和完成了1500余项国家和省部级的研究课题，获得科研奖励成果200余项，其中国家级奖励9项、省部级奖励63项。

中心培育了建鲤、奥尼鱼、“夏奥1号”奥利亚罗非鱼、杂交青虾“太湖1号”、福瑞鲤和吉富罗非鱼“中威1号”、中华绒螯蟹“诺亚1号”等7个国家级水产养殖新品种；发表学术论文3000多篇、出版专著120多部、获授权国家专利300多项。

特别是近十几年来，中心根据国家经济建设和科技创新的需求，不断完善学科布局和加强科技型人才队伍建设，在水产养殖基础生物学和遗传育种、生物多样性保护与种质资源保存、渔业生态环境监测与保护、渔业资源调查评估与管理、渔业重大病害预警与控制、水产养殖容量和健康养殖、水产养殖对象营养学和渔业经济信息等领域开展了许多创新性的研究，取得了一系列重要成果，为我国渔业科学事业发展和渔业经济建设做出了突出贡献。

中国已经加入WTO，随着更多的国家加入WTO，世界经济一体化已是大势所趋，中国的水产品开拓国际市场是发展的方向与出路，由于全球范围内，海洋渔业资源的大幅度萎缩，中国巨大的养殖淡水渔业产量优势逐步体现出来。从需求角度来看，水产品需求不断增加。

随着国民经济发展水平和人民生活水平的不断提高，人们对饮食的营养科学搭配热切关注，民以食为天，随着酒店行业的发展，淡水鱼菜系深受大众的喜爱，淡水渔产品的需求将会越来越多，尤其是对高蛋白低脂肪的需求开始逐年升温。

未来，在生态环境下放养的淡水渔产品，将受到消费者的不二选择，据有关部门预测，淡水渔产业的发展也会随着经济的不断发展而迅猛增长。