河川沙塘鳢是一种重要的商业养殖鱼类，有着显著的性别二态性生长模式。由于缺乏可用的基因组和转录组学资源，阻碍了对河川沙塘鳢遗传选择性育种的研究。因此，了解该物种的性别决定、性腺分化的调节机制并扩大公共EST数据库非常重要。为了在分子水平上详细了解其性别决定、分化机制，为单性育种提供理论依据，本研究对性腺组织进行了mRNA和miRNA的综合分析。

本研究通过联合转录组测序和小RNA测序数据对河川沙塘鳢性腺组织中与性别相关的miRNA-mRNA进行分析，以期阐明河川沙塘鳢性别决定和分化的分子机制。

取材： 雌、雄性个体各9只，置于冰浴3~5分钟，麻醉后取性腺组织，分为三组，每组三个生物学重复

通过对转录组测序和小RNA测序数据进行分析，共鉴定出143个差异表达的miRNA和16,540个差异表达基因。 其中，8103个mRNA和75个miRNA在精巢中表达上调，8437个mRNA和68个miRNA在卵巢中表达上调。miRNA和mRNA表达谱的综合分析预测到了超过50,000个miRNA-mRNA相互作用位点，其中有27,583个负相关的miRNA mRNA相互作用。 许多性别相关基因是性别偏好miRNA的靶基因。利用qRT-PCR验证了15个性别偏好基因和15个性别偏好miRNA之间的关系。 此外，本研究通过转录组数据发现了许多SNP位点，在雌、雄河川沙塘鳢个体中分别确定了1226个和1130个SNP， A/G是雌、雄个体中最丰富的SNP类型。

本研究结果有助于理解河川沙塘鳢的性别决定和分化的分子机制，并对河川沙塘鳢的单性育种奠定了宝贵的基础。

图 miRNA-mRNA调控负相关网络

Cheng Z, Zhang G, Yin S, et al. Integrated analysis of mRNA-seq and miRNA-seq revealsthe potential roles of sex-biased miRNA-mRNA pairs in gonad tissue of darksleeper (Odontobutis potamophila)[J]. Bmc Genomics, 2017, 18(1):613.