由种内个体异质性表现出来的遗传多型性，应该是生物多样性重要内容之一。早在20世纪40年代，生物学家就认识到一个物种是以包含有大量变异个体的种群形式存在，而且一个物种往往 又包含有若干个不同的地理种群或生态种群，这些种群之间在遗传上有着不同程度的一致性和差异性。随着现代生物科学技术的发展，对遗传多样性的认识也越来越清楚了。

在分子水平的研究中，科研人员发现长江、珠江和黑龙江的鲢、鳙、草鱼等。同种鱼的不同水系种群之间存在明显的生化遗传差异。

草青鲢鳙是我国的特有鱼类，也是世界淡水养殖的主要对象。1958年人工繁殖成功，摆脱了依靠天然捕苗的被动局面，推动了养殖业的发展。

然而长期的近亲繁殖，却导致了子代遗传质量的下降。譬如来自自然种群的鲢鱼雌鱼性成熟年龄为3—4龄，平均体重为4.85公斤，雄鱼为3龄，体重3.81公斤；经过4带近交，第5代的雌鱼2龄即普通性成熟，平均体重仅1.25公斤,下降了74.2%，甚至发现有0.3公斤的成熟个体；1龄平均体重仅0.69公斤的雄鱼几乎普通发育成熟。

鳙鱼的第一代雌鱼性成熟年龄为4—5龄，平均体重17.1公斤，雄鱼为3龄，平均12.9公斤；到了第4代, 雌鱼3龄成熟，平均体重仅4.5公斤，3公斤左右的雄鱼也均已性成熟。

草鱼的第一代雌鱼在5—6龄，平均体重17.3 公斤才能性成熟，雄鱼为4龄，平均体重7.1公斤达性成熟；到了第4代, 性成熟年龄均提前了2龄，体重分别下降到6.89公斤和 2.5公斤。

与此同时，鲢鱼第5代鱼苗的畸形率上升12.1倍，鱼病发病率增加15%，成活率下降 55.1%。鳙鱼第4代畸形率上升10.7倍，发病率增加13.1%，成活率下降 21%。草鱼的第4代畸形率上升 5.26倍，发病率增加16.2%，成活率下降26.5%。

这种由于遗传多型性降低而造成的遗传质量下降现象不仅普遍存在于全国各地的人工繁殖的四大家鱼中，也同样表现在人工驯化的新养殖品种团头鲂（武昌鱼）身上，对我国的淡水鱼类养殖业的发展影响极大。

更为严重的是，自然界的草青鲢鳙天然种群由于兴修水利造成江湖阻隔，数量在不断地下降。亲鱼的主要产地洞庭湖大面积退缩，致使长江产卵场的亲鱼主要依赖于鄱阳湖，因而天然鱼苗的量和质都有所降低。人工近亲繁殖的退化后代，由于洪水或鱼池漏溢而部分返回自然产卵场，将退化了的遗传因子带入自然繁殖群体，这将导致天然基因库的破坏。

近年来利用细胞遗传工程培育的多种品系间杂交的鲤鱼养殖品种，其子一代表现出杂交优势，但在二代、三代却出现了较亲本更差的退化现象。这些杂交鲤在大水体放养或由池塘逃逸到江河、湖泊，又导致鲤鱼基因库的破坏。近几年来，鲤鱼的自然地方种群，包括黄河鲤等名贵品种的资源都在逐渐消失。因此在人类的生产活动中要努力减少对遗传多型性的破坏和对遗传规律的改变，以达到保护自然种质资源的目的。